La Secretaria de Organización sirve de enlace entre las Seccionales y la Comisión Directiva Regional, gestionando problemas y asegurando respuestas oportunas. Supervisa el Departamento de Afiliaciones, gestionando registros, credenciales y carnets. También organiza la tramitación de gestiones de las Seccionales hacia la Comisión Directiva, mantiene registros actualizados y organiza giras promocionales del sindicato.

Planifica y organiza las actividades de las Asambleas Generales de Delegados y promueve la difusión de las actividades y logros del sindicato. Además, coordina relaciones con otras instituciones y mantiene registros actualizados para determinar la representación en las asambleas.